با این وجود چالش‌های جدی در سایر حلقه‌های نظام تامین مالی در کشور وجود دارد که بر عملکرد سایر حلقه‌های تامین مالی نیز اثرگذار بوده است. اگر بخواهیم در شرایط فعلی دو مشکل اصلی نظام تامین مالی دانش‌بنیان کشور را که نیاز به تدبیر جدی دارد، در نظر بگیریم می‌توان به الف) ضعف نظام حمایتی (گرنت) به کارآفرینان و شرکت‌های دانش‌بنیان و ب) قابلیت پایین اعتبارسنجی شرکت‌های دانش‌بنیان و نقدشوندگی وثایق مالی اشاره کرد. ضعف نظام گرنت در کشور که به ویژه در سال‌های اخیر و با کمبود منابع دولتی بیشتر نیز شده است، یکی از حلقه‌های مفقود نظام تامین مالی دانش‌بنیان کشور است. حلقه‌های ابتدایی نظام تامین مالی دانش‌بنیان، (قبل از نهادهای تامین مالی توسعه‌ای – اقتصادی) باید شامل مجموعه‌هایی باشد که کمک‌ها و گرنت‌های پژوهشی و تولید نمونه آزمایشگاهی را بر عهده بگیرد. در این مرحله به علت ریسک بالای پژوهش، دولت‌ها یا تمام هزینه یا بخشی از هزینه را به‌صورت اهرمی پرداخت می‌کنند. به‌طور مثال نهادهایی همچون NSF در ایالات متحده یا NSERC در کانادا نقش نهادهای حمایتی را بازی می‌کنند و اقدام به ارائه گرنت می‌کنند.

در ایران وزارت علوم، تحقیقات و فناوری از طریق گرنت‌های پژوهشی دانشگاه‌ها و مراکز پژوهشی و معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری از طریق صندوق حمایت از پژوهشگران بیشترین نقش را در حمایت و ارائه گرنت‌های پژوهشی بازی می‌کنند. ولی به علت محدودیت منابع در دانشگاه‌ها و صندوق حمایت از پژوهشگران، حجم محدودی از درخواست‌ها قابل پاسخ است و در عمل حجم قابل توجهی از درخواست‌ها امکان بررسی و تخصیص منابع ندارد. این فقدان منابع مناسب برای ارائه گرنت‌های پژوهشی و فناوری، چالش‌های متعددی از جمله از بین رفتن بخش مهمی از ایده‌های نوآورانه، دلسرد شدن نیروی انسانی دانش‌بنیان اعم از استادان، دانشجویان و دانش‌آموختگان و انتقال حجم زیادی از درخواست‌های گرنت به لایه نهادهای توسعه‌ای – اقتصادی را دربردارد. در نتیجه به نظر می‌رسد یکی از سیاست‌های منطقی که دولت در طول برنامه ششم باید بر آن تمرکز کند، تقویت لایه اول تامین مالی دانش‌بنیان در قالب توسعه منابع مالی برای ارائه گرنت‌های پژوهشی و فناوری است.

چالش دوم که میان بخش دانش‌بنیان اقتصاد و بخش سنتی اقتصاد کشور نیز مشترک است، مشکل اعتبارسنجی شرکت‌ها و میزان نقدشوندگی وثایق آنها در صورت عدم انجام تعهدات است. هم‌اکنون در شاخص‌های بین‌المللی مرتبط با فضای کسب‌و‌کار، قابلیت نقدشوندگی وثایق شرکت‌ها نزد نهادهای تامین مالی به‌عنوان یک شاخص در مناسب بودن فضای کسب‌و‌کار شرکت‌های تلقی می‌شود. جمع‌بندی اقتصاددانان و سیاست‌گذاران برجسته در ایران و دنیا این بوده است که اگر نظام اعتبارسنجی شرکت‌ها در کشور به‌طور دقیق و صحیحی در بازه زمانی مناسب و به‌صورت فرآیندی پیوسته انجام شود و قدرت نقدشوندگی وثایق در نظام‌های تامین مالی بالا باشد، خود به خود نهادهای تامین مالی امکان گردش بیشتر منابع و به واسطه آن تسریع در عملیات وام‌دهی به شرکت‌های متقاضی را خواهند داشت. همچنین آثار چنین سیاستی کاهش سختگیری نهادهای تامین مالی در دریافت وثایق است. هم‌اکنون به‌دلیل نبود نظام اعتبارسنجی مناسب از شرکت‌های دانش‌بنیان، نهادهای تامین مالی از طرق متفاوتی سعی به انجام این امر می‌کنند که هم زمان بررسی طرح‌ها را برای ارائه تسهیلات افزایش می‌دهد و هم با خطاهای زیادی همراه است. همچنین قدرت پایین نقدپذیری وثایقی همچون چک یا تضامین شرکتی، عمده نهادهای تامین مالی را به سمت دریافت وثایق با قابلیت نقدپذیری بالاتر همچون وثیقه ملکی و ضمانت‌نامه‌های بانکی سوق می‌دهد.

در نتیجه می‌توان چنین برداشتی داشت که دولت در صورتی که تمایل به افزایش سرعت ارائه تسهیلات از سوی نهادهای تامین مالی به شرکت‌های دانش‌بنیان دارد، باید در رویکردی راهبردی دو فعالیت کلیدی را در شرایط فعلی که آغاز گسترش اقتصاد دانش‌بنیان در کشور است در اولویت کارهای خود قرار دهد: الف) دولت باید از طریق نهادهای فعال خود ساختار اعتبارسنجی کیفی را در حوزه دانش‌بنیان فراهم کند تا اعتبار شرکت‌های دانش‌بنیان در طول زمان و به‌طور پیوسته سنجیده شود و این اطمینان به نهادهای تامین مالی داده شود که میزان ریسک از محل عدم پرداخت تسهیلات از سوی شرکت‌های دانش‌بنیان پایین است. ب) همچنین دولت باید در رویکردی کلان‌تر با استفاده از ابزارهای در اختیار، قابلیت نقدشوندگی وثایق شرکت‌ها و به ویژه شرکت‌های دانش‌بنیان را نزد نهادهای تامین مالی بالا ببرد.  در صورت کاهش این دو چالش کلیدی در نظام تامین مالی دانش‌بنیان می‌توان امیدوار بود که الف) ایده‌های مناسب بیشتری عملیاتی شوند و به مرحله اقتصادی برسند و ب) با کاهش معوقات حاصل از تسهیلات به طرح‌های دانش‌بنیان، نهادهای تامین مالی دانش‌بنیان به سرنوشت کنونی برخی بانک‌های کشور دچار نشوند و بتوانند با گردش سریع‌تر منابع مالی در اختیار و با دریافت وثایق آسان‌تر به توسعه اقتصاد دانش‌بنیان کمک کنند.